Taroudannt est au xi^e siècle la capitale d'un petit royaume chiite (royaume des Bajjalis)2 théoriquement soumis aux califes fatimides. Annexée par les Almoravides en 1056, pratiquement indépendante sous les Almohades, elle fut notamment la capitale des princes rebelles Ben Yedder qui régnèrent sur le Souss de 1252 à 13343.

La ville est détruite par les Mérinides en 1306 mais renaît aussitôt et connaît son apogée au xvi^e siècle sous l'influence de Mohammed ech-Cheikh Sâadi, fondateur de la dynastie sâadienne, qui en fait la première capitale sâadienne avant Marrakech et une base pour ses offensives contre les Portugais installés à Agadir (nommée, à l'époque, Santa Cruz de Cap de Gué). Elle devient alors un centre caravanier important, célèbre pour l'abondance et la qualité de ses marchandises : sucre, coton, riz, etc.

À la suite de la déliquescence de l'État sâadien, Taroudannt se trouve sous la domination du royaume du Tazeroualt, et à ce titre, est la cible privilégiée des expéditions militaires menées par les sultans alaouites. Les Alaouites n'avaient pas oublié l'humiliation infligée par Abi Hassoun Semlali, prince de Tazeroualt et cheikh de la zaouïa Semlalia, qui avait emprisonné le fondateur de la dynastie alaouite Moulay Ali Cherif à Iligh (Talatint: Iliɣ). Malgré une soumission théorique, le Souss pouvait encore manifester des signes d'insoumission contre le makhzen.

Ainsi le sultan Moulay Ismaïl fit massacrer en représailles une grande partie de la population de Taroudannt pour avoir soutenu son neveu, le prétendant Ahmed Ben Mehrez, en 1687.

Comme toute la région, Taroudannt a souffert de la fermeture du port d’Agadir, à partir de 1760. Elle s'est repliée derrière ses remparts jusqu'en 1912, date à laquelle le leader des tribus Reguibat, Ahmed al-Hiba, fit de la ville le centre de sa résistance à l’armée du Protectorat français au Maroc jusqu'en 1914.